La ville de Meroé était déjà habitée au 8ème siècle BC. Au 4ème siècle, ou peut-être même avant, elle devint la capitale d'un état indépendant, remplaçant l'ancienne capitale, Napata. La nouvelles capitale jouissait d'un environnement plus favorable, à pluies régulières. Les habitats, les cultures et les pâturages s'étendaient maintenant loin du Nil, sur la rive est, ce qui n'avait pas été possible dans la zone spetentrionale, plus aride, où s'élevaient l'ancienne capitale et la résidence royale. Divers sites, certains renfermant des édifices monumentaux, sont connus dans la région de Meroé, autrefois connu sous le nom de l'"Ile de Meroé". En remontant le Nil Bleu on relève celui du Jebel MOya, dont l'interprétation a soulevé des problèmes, mais il semble bien avoir été contemporain de Meroé. Ses tombes reflètent peut-être un peuple transhumant, plus ou moins sous l'influence de la culture meroîtique. D'autres sites, certainement meroîtiques, ont été repérés en divers lieux assez proches de Meroé, dans le lit alluvial. L'apparente absence d'habitats entre l'époque des établissements néolithiques, vers 3000 BC environ, et celle des débuts des influences méroîtiques au 8ème siècle BC, est peut-être trompeuse. Une tradition culturelle unique a pu se maintenir très longuement dans cette région.