Les progrès de la paléobotanique et des techniques expérimentales de recherche ont montré que la problématique (où et quand ?) concernant les débuts de l'agriculture doit être élaborée en commun par les botanistes et les archéologues, les critères purement botaniques étant insuffisants ; la présence d'espèces domestiques" n'est en effet pas le seul critère pour conclure à l'apparition de l'agriculture, puisqu'une agriculture "prédomestique" paraît à présent avoir existé au Proche-Orient. Inversement, l'abondance dans un site d'une espèce sauvage domesticable ne signifie pas forcément qu'on l'a cultivée. Le diagnostic final doit tenir compte de la "circumstantial evidence" (Zohary) non seulement dans l'ordre écologique, mais aussi dans l'ordre socio-culturel. Enfin, l'analyse culturelle converge de plus en plus avec la génétique des populations végétales, pour attribuer à une zone très limitée du Proche-Orient la domestication de plusieurs espèces de céréales et de légumineuses, quelle que soit la diffusion réelle de leurs progéniteurs sauvages. Cela limite considérablement la possibilité, souvent proposée par les chercheurs "antidiffusionnistes", de centres autonomes de domestication en Europe et en Méditerranée occidentale.